Η σπουδαιότερη και ενδοξότερη εποχή του παρελθόντος της Βέροιας, παρ’ όλα αυτά, είναι κατά τους ελληνιστικούς χρόνους και συγκεκριμένα στη διάρκεια της βασιλείας της τελευταίας δυναστείας των Μακεδόνων, των Αντιγονιδών, η καταγωγή της οποίας ήταν από αυτή την πόλη. Κατά μία εκδοχή μάλιστα η Βέροια πρωτοέγινε έδρα του "Κοινού των Μακεδόνων", είχε Βουλή, έκοβε δικό της νόμισμα, ενώ γινόντουσαν και αθλητικοί αγώνες, που ονομάζονταν "Ολύμπια" ή και "Αλεξάνδρεια" προς τιμήν του Μεγάλου Αλεξάνδρου.
Η παρακμή της πόλης άρχισε κατά τους πρώτους Βυζαντινούς χρόνους, εξαιτίας των επιδρομών των σλαβικών φύλων. Ωστόσο, κατά τους μέσους Βυζαντινούς χρόνους απέκτησε μεγάλη σημασία και το 985 καταλήφθηκε από τους Βουλγάρους. Απελευθερώθηκε από το Βασίλειο Β΄.
Μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους, ο Βούλγαρος Κράλης Ιωαννίτζης εκμεταλλευόμενος τη διάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, εισβάλει βίαια το 1205 στην περιοχή της Θράκης και της Μακεδονίας φθάνοντας έως τις Σέρρες. Η περιοχή ελευθερώνεται τελικά αργότερα από τον βυζαντινό Αυτοκράτορα Ιωάννη Δούκα Βατάτζη, ο οποίος ανέκτησε τη Βέροια, τις Σέρρες και άλλες σημαντικές πόλεις της Μακεδονίας.
Τον 14ο και 15ο αιώνα την πόλη εποφθαλμιούσαν οι Σέρβοι και αρκετές φορές κατάφεραν να την καταλάβουν από τους Βυζαντινούς. Το 1434 περιήλθε οριστικά στην Κατοχή των Οθωμανών. Στη διάρκεια της Τουρκοκρατίας εγκαταστάθηκαν Μουσουλμάνοι και Εβραίοι. Το 1530 είχε 657 χριστιανικά και 234 μουσουλμανικά νοικοκυριά. Ταυτόχρονα, ειδικά το 17ο και 18ο αιώνα δημιουργήθηκε ελληνική αστική τάξη, εξαιτίας της ύπαρξης εμπόρων. Το 1822 συντελέστηκε η εξέγερση της πόλης εναντίον του τουρκικού ζυγού, με επικεφαλής τον Τάσο Καρατάσο. Από τη Βέροια ήταν οι οπλαρχηγοί της επανάστασης του '21 Γεώργιος Συρόπουλος, Αθανάσιος Συρόπουλος και οι άλλοι Συροπουλαίοι ή "Σύροι", καθώς και οι αδερφοί Γεώργιος και Δημήτριος Κολέμης. Απελευθερώθηκε από τον ελληνικό στρατό στις 16 Οκτωβρίου του 1912. Το 1946 κηρύχθηκε πρωτεύουσα του νομού Ημαθίας.
Την παραμονή της εορτής της 15 Αυγούστου 1864 οι χριστιανοί κάτοικοι, κατά το έθιμο, έφυγαν από την πόλη και πήγαν στο Μοναστήρι της Παναγίας Δοβράς για τον πανηγυρικό εορτασμό. Το βράδυ άναψε μεγάλη πυρκαϊά που κατέστρεψε μεγάλο μέρος της πόλης, δεδομένου ότι τα περισσότερα σπίτια ήταν ξύλινα. Σύμφωνα με αναφορά ιερέα της Μητρόπολης κάηκαν πάνω από 300 σπίτια, καταστήματα και εργαστήρια συνολικά. Επίσης κάηκαν οκτώ εκκλησίες καθώς και η Μητρόπολη, το Ελληνικό Σχολείο και η περίφημη βιβλιοθήκη. Το 1965, κατά την κατεδάφιση πέτρινου σπιτιού στην οδό Π. Τσαλδάρη 53, βρέθηκε στα θεμέλια κατάλληλα προστατευμένο σημείωμα του ιατρού Δημοσθένη Δ. Γεωργακόπουλου, με ημερομηνία 1/5/1883, που γνωστοποιεί ότι κατασκευάζει πέτρινο σπίτι "για να δώσει δείγμα πέτρινων σπιτιών στις επερχόμενες γενεές, διότι από καιρού εις καιρόν οι ίδιοι οι οθωμανοί βάζουν φωτιά στα σπίτια των χριστιανών για βλάβη και για αρπαγή των πραγμάτων". Σχετικά με την πυρκαϊά διασώθηκε και δημοτικό τραγούδι, το οποίο εσφαλμένα, ίσως για λόγους μέτρου, αναφέρει ότι το γεγονός συνέβη το 1862.
