Ο νεολιθικός οικισμός της Νέας Νικομήδειας βρίσκεται περίπου 13 χιλιόμετρα βόρεια της Βέροιας και 2 χιλιόμετρα βόρεια της Νέας Νικομήδειας. Επικρατεί η άποψη ότι ο οικισμός βρισκόταν σε όρμο του Θερμαϊκού κόλπου ή στην άκρη μιας ελώδους λίμνης - λιμνοθάλασσας. Η άποψη αυτή ενισχύεται από τη σύσταση του εδάφους - υπεδάφους (προσχωσιγενές, φερτές ύλες, υδατογενή πετρώματα, όστρακα κ.λπ). Ακόμα, επιβεβαιώνεται από το γεγονός, ότι η λίμνη των Γιαννιτσών απλωνόταν, πρίνα από την αποξήρανσή της (1935), όπως λένε παλιοί κάτοικοι της Νέας Νικομήδειας, κάπου 2 χιλιόμετρα βορειοδυτικά του χωριού. Μάλιστα στην περιοχή αυτή υπάρχει κει τοποθεσία με το όνομα "Πόρος".

Ο οικισμός ανήκει στον τύπο της Τούμβας, δηλαδή τον τεχνητό γήλοφο, του οποίου η μορφή είναι αποτέλεσμα της συνεχούς ανθρώπινης εγκατοίκησης. Οι κάτοικοι της Νέας Νικομήδειας αποκαλούν το χωματολοφίσκο "Τούμπα". Η τοποθεσία της Τούμπας σε παλιό χάρτη της περιοχής, σημειώνεται με την ονομασία "Μπογιάδες". Σήμερα επικρατεί η ονομασία "Αρχαία".

Εκτιμάται οτι ο οικισμός στα βορειοανατολικά του, όπου απλωνόταν θάλασσα ή λίμνη, είχε ανοιχτό ορίζοντα. Στις άλλες κατευθύνσεις θα υπήρχαν δάση και λιβάδια μέχρι και τη δεκαετία του 1950.

Επίσης, ο οικισμός είχε ηλιοφάνεια και το κλίμα του ήταν υγρό. Από τον οικισμό είναι πιθανό να ξεκινούσαν μια σειρά από περάσματα, που θα διευκόλυναν τους κατοίκους να επικοινωνούν με άλλους γειτονικούς οικισμούς.

Η θέση του οικισμού, σχετικά με τις πηγές τροφήμων, πρέπει να ήταν ιδανική (καρπερή γή, πλούσιο κυνήγι, άφθονα ψάρια).

Η ζωή στον οικισμό, σύμφωνα με τον ανασκαφέα R. J. Rodden, διακόπηκε κατά τους χρόνους της Αρχαιότερης Νεολιθικής περιόδου. Πιθανόν ο οικισμός να καταστράφηκε από πλημμύρα, πυρκαγιά ή και από επιδρομή κάποιου λαού και οι κάτοικοι να αναγκάστηκαν να μεταναστεύσουν σε άλλη περιοχή. Στη Νεότερη Νεολιθική Εποχή ο οικισμός επανακατοικείται.