Πρόκειται για ανδρώα κοινοβιακή μονή. Η παλαιότερη αναφορά για την ύπαρξη της είναι το 1100 μ.Χ. Η συνεχής ιστορία της διακόπηκε το 1907, όταν κατά τον Μακεδονικό Αγώνα σφαγιάσθηκαν οι μονάζοντες.  Το όνομα της Μονής συνδέεται με έναν τεράστιο βράχινο όγκο που ονομάζονταν «Καλλίπετρα» (δηλαδή όμορφη Πέτρα). Μαζί με άλλες κοντινές Μονές (πολλές απ’αυτές κατεστραμμένες σήμερα) συγκροτεί την αρχαία, ιστορική και απαράμιλλης πνευματικής αξίας Σκήτη της Βέροιας. Η Σκήτη αυτή στην ακμή της αριθμούσε 50 Μονές, 2500 μοναχούς και οι ιστορικοί ομιλούν με σεβασμό αναφερόμενοι σε αυτήν ως «Μικρόν Άγιον Όρος». Μεταξύ της πληθώρας των Αγίων που μόνασαν η προσκύνησαν στην περιοχή (Γρηγόριος Παλαμάς, Αντώνιος Βεροίας, Θεοφάνης Ναούσης, Θεωνάς Θεσσαλονίκης, Αθανάσιος Μετεωρίτης, Θεοδοσίος Τυρνόβου) και οι Άγιοι Διονύσιος ο εν Ολύμπω και  Κοσμάς ο Αιτωλός φιλοξενήθηκαν στη Μονή Καλλίπετρας. Από το 18ο αιώνα και μετά, πυκνώνουν οι αναφορές για την ύπαρξη και την κατάστασή της και απαριθμούνται έως και 46 μοναχοί.

 Καταστράφηκε πολλές φορές (1433, 1770), αλλά ολοκληρωτικά το 1822. Κατά τον Μακεδονικό Αγώνα φιλοξενούνταν τα Ελληνικά αντάρτικα σώματα στη Μονή και περιθάλπτονταν οι τραυματίες. Αποκορύφωμα του αγώνα ήταν η μαρτυρική θυσία του ηγουμένου Ιγνατίου, του προηγουμένου Σταύρου και δύο διακονητών που κατακρεουργήθηκαν από Ρουμάνους κομιτατζίδες. Για την κατάσταση αυτή εκδικήθηκε ο Μακεδονομάχος Βασίλειος Σταυρόπουλος, πιο γνωστός ως Καπετάν Κόρακας. 

 Η μεγάλη περιουσία της Μονής μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή και την Ανταλαγή διαμοιράστηκε για την ίδρυση 5 μεγάλων προσφυγικών οικισμών.

 Η τελευταία καταστροφική ενέργεια έγινε το 1941 όταν ένας βοσκός με σκοπό να αποφύγει την εκ νέου επάνδρωση της Μονής πυρπόλησε τα κτίρια της. 

Σημαντικό απομεινάρι παλαιοτέρων κτισμάτων είναι ένας θολωτός πετρόκτιστος χώρος στον οποίο, ως οστεοφυλάκιο, είναι τοποθετημένα τα λείψανα 120 περίπου πατέρων της Μονής. 

Το κόσμημα της Μονής είναι η θαυματουργός εικόνα της Θεοτόκου Καλλιπετριτίσσης, μικρού μεγέθους, έργο του 17ου αιώνος, με αργυρό κάλυμα του 1845. Η εικόνα είναι κατάφορτη από τάματα και αφιερώματα. 

Η κύρια πανήγυρη είναι στο Γενέθλιο της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου). Ιδιαίτερα κατά την εορτή των Θεοφανείων τελείται ο αγιασμός των υδάτων στην όχθη του Αλιάκμονα, γεγονός που τείνει να αγαπηθεί από τον κόσμο. 

Στη Μονή μπορούν να φιλοξενηθούν ολιγάριθμοι προσκυνητές κατόπιν συνενοήσεως.

Λείψανα που μπορούν να προσκυνήσουν οι προσκυνητές είναι των Αγίων: 

Κωνσταντίνου του Μεγάλου και Ελένης της Αυγούστας

Ευστρατίου Μεγαλομάρτυρος

Αναργύρων Κοσμά και Δαμιανού

Ιωάννου Χρυσοστόμου

Βασιλείου του Μεγάλου

Γρηγορίου Θεολόγου

Αρτεμίου Μεγαλομάρτυρος

Αντύπα Περγάνου

Χαραλάμπους του Ιερομάρτυρος

Παντελεήμονος του Ιαματικού

Νικολάου Μύρων της Λυκίας

Τρύφωνος Μεγαλομάρτυρος

Μεδίκιανου Μάρτυρος

Τιμίου Προδρόμου