Ο Γιάννης Μυστακίδης γεννήθηκε 7 Δεκεμβρίου 1994 στην Θεσσαλονίκη και αγωνίζεται ως πλάγιος επιθετικός. Ξεκίνησε την καριέρα του από την Γερμανία και τα ηλικιακά τμήματα των Χόνφενχαϊμ, Μάνχαϊμ και Φράιμπουργκ.
Το καλοκαίρι του 2014 μετακινήθηκε στην Κατερίνη και τον Πιερικό και την επόμενη χρονιά μετεγγράφηκε στον ΠΑΟΚ. Τον Γενάρη του 2018 πήρε μεταγραφή στον Παναθηναϊκό. Επόμενη σταθμοί στην καριέρα του ήταν ο ΠΑΣ Γιάννενα, η Γκόρνικ Πολωνίας, ο Βόλος και η Ντεγκράφσχαπ Ολλανδίας. Την σεζόν που πέρασε φόρεσε την φανέλα της Ξάνθης.